باشر الأستاذ الدكتور مصطفى عبدالغني اليوم مهام عمله نائبا لرئيس جامعة الأزهر للوجه القبلي، إيذانًا ببدء مرحلة جديدة من العمل، بما يضمن انتظام سير العمل واستمرار جامعة الأزهر في أداء رسالتها التعليمية والبحثية والمجتمعية.
جدير بالذكر أن سيادته قد تدرج في التعليم الأزهري حتى حصل على الشهادة الثانوية الأزهرية عام 1988م، وكان من المتفوقين، والتحق بكلية طب الأسنان جامعة الأزهر، وحصل على درجة البكالوريوس في طب وجراحة الفم والأسنان عام 1992م، ثم حصل على ماجستير الاستعاضة الصناعية 1999م، ومنح الدكتوراه في ذات التخصص عام 2003م.
عين مدرسًا في قسم الاستعاضة الصناعية بكلية طب أسنان أسيوط 2003م، ورقي إلى أستاذ مساعد عام 2009م، ورقي إلى درجة الأستاذية في تخصص الاستعاضة الصناعية 2013م، وهي أعلى درجة أكاديمية، كما شغل منصب منسق البرنامج الماليزي بكلية طب الأسنان للبنات، ورئيس الجمعية المصرية للاستعاضة الصناعية وطب الأسنان التحفظي.
صدر قرار فضيلة رئيس جامعة الأزهر بتعيينه عميدًا لكلية طب الأسنان للبنات بالقاهرة في عام 2014 حتى 12 نوفمبر 2019، ثم صدر قرار رئيس مجلس الوزراء بتعيينه نائبًا لرئيس جامعة الأزهر لفرع البنات في 13 نوفمبر 2019م، وظل في منصبه نائبا لرئيس جامعة الأزهر لفرع البنات حتى 15 نوفمبر 2020م، وبعد ذلك التاريخ صدر قرار جمهوري بتعينه عضوًا بمجلس الشيوخ المصري ممثلًا عن مؤسسة الأزهر الشريف، ثم نائبا لفرع الجامعة للبنات، كما عُين منسقًا عامًّا لبيت العائلة المصرية، وأيضًا صدر قرار بتكليفه أمينًا عامًّا لبيت العائلة المصرية.