يقف المتحف الإسلامي بمدينة القدس منذ تأسيسه قبل قرن من الزمان حجر عثرة أمام محاولات الاحتلال الإسرائيلي لتهويد المدينة المقدسة.
ويعمل المتحف من عقود للحفاظ على الموروث الثقافي والأثري للمسجد للمسجد الأقصي المبارك. أنشيء المتحف قبل أكثر من 100 عام في أحد المباني التاريخية قرب باب المغاربة، عام 1922 ليجمع المخطوطات التاريخية والقطع الأثرية.
وأقيم المتحف خلال الأعوام الخمسة الأولى قرب باب المجلس، أحد أبواب المسجد الأقصى، قبل أن ينقل إلى "جامع المغاربة" الذي أنشأه الحكم الأيوبي في الجهة الجنوبية الغربية للأقصى، وتبلغ مساحته نحو 2000 متر مربع، ويقع وسط مبان تاريخية تعود للحقب الأيوبية والمملوكية.
ويعرض في قاعتي المتحف أكثر من 350 قطعة ومخطوطاً تاريخياً، تشكل إرثاً حضارياً وإنسانياً، ودليلاً على تعاقب الحقب التاريخية على المسجد الأقصى ومدينة القدس.
وأول ما يقع أمام أعين مرتادي المتحف بقايا منبر صلاح الدين الأيوبي الذي أحرقه الاحتلال الإسرائيلي عام 1969، إضافة إلى بعض الأعمدة التاريخية ونوافذ قديمة للمسجد الأقصى وقبة الصخرة.
ويحوي المتحف المصحف الكوفي المكتوب على الجلود ويعود لمنتصف القرن الثاني الهجري، والمصحف المملوكي الذي يعد واحداً من أكبر المصاحف بطول متر وعرض 90 سنتيمتراً.
ويضم المتحف أيضا نحو 1700 قطعة نقدية فضية وذهبية وبرونزية تعود لفترات الحكم الساساني لفلسطين، وكذلك عملات عربية وإسلامية.
وإضافة إلى توجد قناديل وأسرجة تعود لعام 1330 ميلادية كان يضاء بها المسجد الأقصى، كما يضم أسلحة يعود معظمها للفترة العثمانية وتشمل بنادق وطبجات وسيوفاً ودروعاً وخناجر.
كما يحتفظ بأكثر من 980 وثيقة من عهد المماليك تعرض منها وثيقتان فقط.